1744年,乾隆将雍和宫改建为藏传佛教寺院,并赋予其皇家寺院的地位与殊荣。此后,大批内外蒙古和藏区的僧人在此修习佛法,并承担本课、内课和随营职责。雍和宫虽然主要为皇家服务,但其在清政府管理蒙藏地区宗教及政治事务方面所起作用是举足轻重的。
雍和宫是清廷联络蒙藏地区的政治枢纽之一。历史上的雍和宫,是清朝政府联系蒙藏地区的纽带和枢纽,政治地位极高。蒙、藏地区人民笃信藏传佛教,雍和宫自然就成为蒙藏宗教领袖、高僧大德在北京的活动中心。他们或驻锡任职,或弘传佛法,成为清政府妥善处理蒙藏事务的得力助手。利用雍和宫这个平台,清朝皇帝坐阵北京即可随时随地联络和管理蒙藏各地区的宗教乃至政治事务。雍和宫实质上成为了联接中央与蒙古、西藏、青海等藏传佛教地区的政治通道,在密切满汉蒙藏民族感情、增强少数民族地区对中央政府的认同感方面起了重要作用。
雍和宫是掌控藏传佛教事务的管理中心。雍和宫还兼具宗教行政管理职能,是清朝中央政府管理藏传佛教事务的中心,宗教地位特殊。作为内地学经组织最为完备的藏传佛教寺院,它不仅是清廷培育优秀藏传佛教人才的基地,更是规范藏传佛教事务管理、实施“金瓶掣签”制度的阵地。乾隆皇帝亲自设计的用于认定藏传佛教转世灵童的“金奔巴瓶”,一个置于拉萨大昭寺,另一个就放在雍和宫。内外蒙古及青海、甘肃等地的呼图克图转世灵童,均在雍和宫以“金瓶掣签”的方式认定。“喇嘛最高者”经雍和宫金瓶掣签决定,体现着中央政府在藏传佛教重大事务方面的管理权威。