活佛转世制度形成之后,经过数百年的发展,由于受到世俗社会的影响和权势者的操控,渐失其清净本义,弊端丛生,危及佛法。如护法神接受贿赂随意妄指;“以师弟(徒)之义,徇私擅定,垄断政教大权”;甚至 “将待产女婴定为呼毕勒罕,贻笑大方”,等等。更严重的是噶举派红帽系第十世活佛却朱嘉错(1733-1791)本与六世班禅、仲巴•洛桑金巴呼图克图皆为兄弟,为争六世班禅遗产,竟勾引廓尔喀人入侵,使群众蒙难,寺庙被劫,危及国家安全。
为清除这些弊端,乾隆皇帝应八世达赖喇嘛“立定法制”、“垂之久远”的请求,乾隆五十七年(1792年)在派遣大军入藏驱逐廓尔喀入侵者取得胜利之后,谕令进藏官员筹议善后章程。第二年,清朝政府正式颁布了《钦定藏内善后章程二十九条》。
章程的第一条明确规定:“关于寻找活佛及呼图克图的灵童问题,依照藏人例俗,确认灵童必问卜于四大护法,这样就难免发生弊端。大皇帝为求黄教得到兴隆,特赐一金瓶,今后遇到寻认灵童时,邀集四大护法,将灵童的名字及出生年月,用满、汉、藏三种文字写于签牌上,放进瓶内,选派真正有学问的活佛,祈祷七日,然后由各呼图克图和驻藏大臣在大昭寺释迦佛像前正式认定。”认定达赖喇嘛和班禅额尔德尼的灵童时,“亦须将他们的名字用满、汉、藏三种文字写在签牌上,同样进行,这些都是大皇帝为了黄教的兴隆,和不使护法弄虚作弊”。
乾隆皇帝在制定金瓶掣签制度的同时,制作了两尊金瓶,一个送往西藏,一个放置北京。送往西藏的,供在大昭寺释迦牟尼佛像前,备确认达赖、班禅、哲布尊丹巴和西藏其他各大呼图克图转世灵童掣签之用;置于北京雍和宫的,供内外蒙古及青海、甘肃等地的呼图克图转世灵童掣签之用。
乾隆五十七年(1792年)十月二十六日,由乾隆皇帝亲自审定、朝廷造办处精心制造的金奔巴瓶供奉于雍和宫。乾隆皇帝亲撰御笔《喇嘛说》,揭碑立石于雍和宫,称此举是“辑藏安边,定国家清平之基于永久”的大政方针,并申明“兴黄教即所以安众蒙古,所系非小”。自此开始,自西藏以东的大活佛转世均在雍和宫以“金瓶掣签”的方式决定,奠定了雍和宫在内地藏传佛教管理中的核心地位。